In ogni kit diagnostico basato sulla PCR, i primer sintetici non sono semplicemente utili: sono biochimicamente indispensabili. Le DNA polimerasi, i motori dell'amplificazione, non possono iniziare a costruire un nuovo filamento di DNA da zero; hanno bisogno di un gruppo 3′-idrossile (3′-OH) preesistente a cui legare il primo nucleotide in arrivo. Brevi primer oligonucleotidici, progettati con precisione, si appaiano alle regioni complementari che delimitano la sequenza bersaglio, fornendo quel gruppo 3′-OH essenziale. Questo appaiamento avvia la sintesi esclusivamente nella posizione genomica desiderata, garantendo la specificità analitica che consente a un test di rilevare in modo affidabile la presenza di un patogeno, e solo di quel patogeno.
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